Wśród tych metod prym wiedzie chromatografia cieczowa i gazowa, które wykorzystujemy do oznaczania zawartości m.in.:
- konserwantów, w szczególności kwasu benzoesowego i sorbowego oraz ich soli;
 
- substancji słodzących: acesulfamu-K, aspartamu i sacharyny;
 
- cukrów, z wyróżnieniem: glukozy, fruktozy, sacharozy, laktozy i maltozy;
 
- witamin, zarówno tych rozpuszczalnych w tłuszczach (A, D, E, K), jak i w wodzie (C, B);
 
- kofeiny, zarówno w napojach, jak i suplementach diety;
 
- mykotoksyn: deoksyniwalenolu, zearalenonu, ochratoksyny A, aflatoksyn: M1, B1, B2, G1, G2;
 
- histaminy w rybach i przetworach rybnych;
 
- wielopierścieniowych węglowodorów aromatycznych (WWA), w tym: benzo(a)pirenu, benzo(b) fluorantenu, chryzenu, benzo(b)antracenu oraz ich sumy;
 
- alkalodidów pirolizydynowych i tropanowaych;
 
- tlenku etylenu (ETO);
 
- metali ciężkich;
 
- składników mineralnych.